Ilgaz’ın kişisel vikisinden
Ilgaz Mehmetoğlu
Bilgisayar bilimi öğrencisi · yazılım geliştiricisi · biyoinformatik öğreniyor
Merhaba, ben Ilgaz Mehmetoğlu. Maastricht Üniversitesi’nde üçüncü sınıf Bilgisayar Bilimi öğrencisiyim. Bu sayfa, geliştirdiğim yazılımların ve biyoinformatik dâhil öğrendiğim konuların küçük bir kaydı.
Masaüstü uygulamaları, geliştirici araçları ve deneysel yazılımlar üretmekten keyif alıyorum. Özellikle anlaşılır mimari, işe yarayan testler, yerel öncelikli veri ve kullanımı keyifli arayüzler ilgimi çekiyor.
1 Hakkımda
Ne işe yaradığı açık olan yazılımları seviyorum. Şimdiye kadar çoğunlukla bağımsız uygulamalar, yaratıcı araçlar, geliştirici yardımcıları ve motor sistemleri üzerinde çalıştım. Güvenilir davranışa, değiştirilebilir bileşenlere, işe yarayan testlere ve kullanıcının dikkatine saygı duyan arayüzlere önem veriyorum.
Son zamanlarda bu ilgi alanlarının biyoinformatik ve bilimsel yazılımla nasıl birleşebileceğini araştırıyorum.
2 Biyoinformatik yönelimim
Alanın en çok uygulamalı yönü ilgimi çekiyor: tekrarlanabilir analizler, dikkatli doğrulama, açık veri kökeni ve çalışma biçimi insanlar tarafından anlaşılabilen araştırma araçları.
2.1 Güncel ilgi alanlarım
- Biyolojik dizi analizi ve anotasyon
- Tekrarlanabilir analiz iş akışları ve veri kökeni
- Karmaşık biyolojik veriler için keşif odaklı arayüzler
- Sistem biyolojisi ve biyolojik ağlar
- Bilimsel yazılımların test edilmesi ve doğrulanması
- Yerel öncelikli araştırma araçları
2.2 Şu anda öğrendiklerim
Biyoinformatik temellerini, biyolojik dizi analizini, hesaplamalı biyolojiyi ve biyolojik verileri yorumlamak için gereken istatistiği öğreniyorum. Bu bilgileri ilk kapsamlı biyoinformatik projem olan Haplux ile uygulamaya döküyorum.
3 Seçilmiş projeler
Haplux, ilk kapsamlı biyoinformatik projem. Diğer projeler ise bilimsel yazılıma taşıdığım daha geniş mühendislik altyapısını gösteriyor: modüler sistemler, karmaşık arayüzler, yerel veri, araç geliştirme ve platformlar arası dağıtım.
Haplux [ön-alfa, biyoinformatik]
Bir genomik modelin aynı odak varyantı için öngördüğü etkinin farklı insan haplotip arka planlarında kararlı kalıp kalmadığını sınayan, referanstan bağımsız bir araştırma aracı. İndekslenmiş FASTA ve VCF/BCF verilerinden fazlanmış haplotipleri yeniden oluşturur, eşleştirilmiş REF/ALT deneyleri kurar, dizi kökenini korur ve aynı analiz motorunu hem terminal arayüzü hem de makinece okunabilir JSON iş akışları üzerinden sunar.
Python
| Teknolojiler | Python 3.9+, pysam/HTSlib, Textual, FASTA, VCF/BCF |
|---|---|
| Durum | Ön-alfa araştırma yazılımı; klinik kullanım için değildir |
| Bağlantılar | Kaynak kodu |
Java Vector Nexus [aktif, açık kaynak]
Modüler ve platformlar arası çalışan bir görsel roman motoru ile 2B animasyon araç seti. Çalışma zamanı, editör, betik biçimleri ve derleme araçları içerir.
Java
Gradle
Clojure
Scala
| Teknolojiler | Java 21, JavaFX, Gradle, Clojure, Scala |
|---|---|
| Bağlantılar | Belgelendirme · Kaynak kodu |
Simjot [masaüstü, yerel öncelikli]
Günlük tutma, ruh hâli takibi, şiir analizi, şifrelenmiş yedekleme ve Aero’dan esinlenen canlı bir arayüz sunan kişisel yazım ve yaratıcı esenlik stüdyosu.
- Java
C
C++
Objective-C
Haskell
| Teknolojiler | Java 24, Swing, C/C++, Objective-C, Haskell, yerel öncelikli depolama |
|---|---|
| Bağlantılar | Kaynak kodu |
4 Teknik araç kutusu
| Diller | Python, Java, C#, JavaScript, TypeScript, Swift, Bash, Haskell |
|---|---|
| Uygulamalar | JavaFX, Swing, .NET, React, Electron, SwiftUI, AppKit |
| Bilimsel yazılım | pysam/HTSlib, FASTA, VCF/BCF, haplotip yeniden oluşturma, veri kökenini koruyan iş akışları |
| Veri ve sistemler | SQLite, yerel kod birlikte çalışabilirliği, platformlar arası paketleme, yerel öncelikli depolama |
| Test | pytest, JUnit, NUnit, Jest, entegrasyon testleri, kullanılabilirlik çalışmaları |
5 İletişim
Biyoinformatik projeleri, araştırma yazılımları, stajlar veya konuşmaya değer ilginç bir fikir hakkında iletişime geçebilirsiniz.
- E-posta: mehmetogluilgaz07@gmail.com
- GitHub: S1mplector
- LinkedIn: Ilgaz Mehmetoğlu